وی پس از تکمیل تحصیلات و مطالعات خود به تهران بازگشت و از سال 1345 با سمت دانشیار به استخدام دانشگاه تهران درآمد و از سال 1346 با سمت مدیرگروه باستان‌شناسی دانشکده ادبیات و علوم انسانی دانشگاه تهران مشغول به خدمت شد.
دکتر نگهبان توانست در طول سال‌ها خدمت خود منشأ خدمات ارزشمند، شایسته و تأثیرگذاری در باستان‌شناسی ایران شود:
1. ایجاد تحول در درک از مفهوم باستان‌شناسی و بسترسازی برای خارج کردن مطالعات از توصیف صرف اشیاء و مواد فرهنگی به علمی که امکان بازسازی از جوامع انسانی در گذشته را برای ما فراهم می‌آورد؛ موضوعی که شاگردان بلافصل ایشان آن را به شایستگی بسط و گسترش دادند و امروز با استفاده از دانش‌های میان‌رشته‌ای باستان‌شناسان و پژوهشگران بیشترین استفاده را از آن برای دستیابی به نحوه زندگی و معیشت نیاکان ما در تمامی ابعاد آن می‌برند؛ هر چند که در این زمینه هنوز نیاز به کار فراوان است و تا رسیدن به شرایط مطلوب فاصله داریم.
2.تربیت شاگردان کارآمد و برجسته‌ای که امروز بدنه باستان‌شناسی کشور را تشکیل می‌دهند و عموماً در دهه‌های 60 و 70 عمر خود هستند و بیشترین خدمت و بازدهی را در این حوزه کاری داشته‌اند.
3.تأسیس مؤسسه باستان‌شناسی وابسته به دانشگاه تهران در سال 1346که تا کنون منشأ خدمات شایسته‌ای بوده است.
4.در نظر گرفتن یک فصل کاوش در دشت قزوین برای دانشجویان دوره لیسانس که خود باعث می‌شد فارغ‌التحصیلان این رشته آگاهی و دانش لازم را از رشته خود داشته و با اعتماد به نفس و خودباوری و علاقه بیشتری در این زمینه فعالیت کرده و یا ادامه تحصیل دهند.
5.تبدیل کاروانسرای محمدآبادخره در دشت قزوین به یک مرکز رسمی آموزش باستان‌شناسی. این کاروانسرا که متعلق به دوره صفوی است در سال 1347 مخروبه‌ای بیش نبود که محل اجتماع معتادان بود و همچنین روستاییان از آن به‌عنوان طویله و آغل احشام خود استفاده می‌کردند. او با تلاش و کوششی خستگی‌ناپذیر از این مخروبه مدرسه‌ای ساخت که بیش از 40سال است که هر دانشجوی باستان‌شناسی که فارغ‌التحصیل دانشگاه تهران باشد، حدود 2 ماه یا بیشتر در این مرکز برای آموزش عملی باستان‌شناسی بیتوته می‌کند، می‌آموزد و تجربه کسب می‌کند و این خود از عجایب روزگار ماست. کاری که دکتر نگهبان حدود 5 دهه قبل انجام داد، بحث امروز ما نیز هست.«تغییر کاربری اماکن تاریخی»؛ هر چند که این مطلب امروز با تأکید بر جنبه‌های اقتصادی و تجاری این اماکن مورد بحث است. ولی کاروانسرای محمد آباد به ما می‌گوید که لزوماً نمی‌توان از این اماکن به‌عنوان رستوران، قهوه خانه سنتی یا مسافرخانه استفاده کرد بلکه می‌شود بهره برداری‌های متفاوتی همانند آنچه در محمدآباد در جریان است، کرد.
راقم این سطور معتقد است که چنانچه دکتر نگهبان هیچ کاری انجام نداده بود، به جز تبدیل کاروانسرای محمدآباد به یک مرکز آموزش باستان‌شناسی، شایسته تقدیر و تکریم فراوان بود؛ امری که در فرهنگ ملی و دینی ما بسیار مورد توجه بوده و عامل به آن را شایسته قدردانی و عزت فراوان دانسته‌اند.
سرپرستی کاوش‌های مارلیک در شمال ایران در سال 1340که اولین کاوش مشترک بین دانشگاه تهران و اداره کل باستان‌شناسی نیز بود، آثار بی‌نظیر و یگانه‌ای که از این محوطه تاریخی به دست آمد را در نمایشگاهی در موزه ملی ایران در سال 1341 در معرض دید باستان‌شناسان و علاقه‌مندان قرار داد.
با این همه دکتر نگهبان ویژگی‌های دیگری نیز داشت که مهم‌ترین آنها عشق به ایران و تمدن و فرهنگ دیرپای آن بود و این عشق را با نظم و انضباطی دقیق اعمال و پیگیری می‌کرد.مردی ثروتمند بود ولی این امتیاز هیچ گاه در رفتار، گفتار، پوشش و سایر شئونات اجتماعی وی انعکاس نداشت به نحوی که اگر کسی ایشان را نمی‌شناخت، چنین تصوری نمی‌کرد. با اسراف و استفاده ناصحیح از مواد و مصالح از هر نوع مخالف بود و حیف و میل کردن وسایل مصرفی را بی‌انضباطی کاری و حرفه‌ای می‌دانست و به شدت با آن برخورد می‌کرد. با این وجود وقتی در آخر حفاری طی نمایشنامه‌ای که توسط دانشجویان اجرا شد، این خصوصیت ایشان با طنزی نسبتاً گزنده بیان شد، هیچ واکنش منفی نشان نداد و بر‌خلاف تصور هیچ تأثیری هم در نمره افراد اجرا‌کننده نگذاشت.
قبل از انقلاب متداول شده بود که مسافرت‌هایی علمی به‌منظور آشنایی دانشجویان با فرهنگ کشورهای دیگر انجام شود. زمانی که اینجانب به‌عنوان نماینده دانشجویان برای پیگیری یکی از این مسافرت‌ها برای کشورهای یونان و مصر به ایشان مراجعه کردم، به شدت با این امر مخالفت کرد و اظهار داشت: دانشجو و به ویژه دانشجوی باستان‌شناسی اول باید کشور خود را ببیند و با آن آشنا شود و سپس اقدام به مسافرت‌هایی از این دست بکند.دکتر نگهبان را باید از نسل و جنس زنان و مردانی به شمار آورد که از آنان به‌عنوان پیشگام و پیشرو یاد می‌شود. کسانی که با تحمل مشکلات و سختی‌ها راه را برای دیگران هموار می‌کنند؛ در اغلب کشورها این افراد جزو چهره‌های ماندگار فرهنگ آن هستند.
